NCBI GenBank: 世界上最大的公共核酸序列数据库, 由美国国家生物技术信息中心（NCBI）管理, 涵盖了广泛的物种和基因组数据和详细注释。

ENA: 由欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）管理。同样提供全面的核酸序列数据，包括原始测序数据、序列组装信息和功能注释。

DDBJ: 日本DNA数据银行, 由日本国立遗传学研究所(NIG)管理, 主要收集和存储来自日本及亚洲地区的核苷酸序列数据，与GenBank和ENA共享数据。

UniProt: 是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI，SIB，PIR三大数据库的资源。

PDB: 全球最大的蛋白质三维结构数据库，存储蛋白质和核酸的三维结构信息。

STRING: 提供已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用，广泛用于蛋白质功能预测和相互作用网络分析。

InterPro: 蛋白质家族和结构域数据库，存储蛋白质序列中的功能域和结构域注释信息。

GO: 是全球最大的基因功能注释数据库, 其将基因和基因产物的功能进行标准化分类。广泛用于基因功能注释和富集分析。

KEGG: 调控网络注释数据库, 包含基因组、代谢途径、疾病和药物等信息。数据库分为多个层级，涵盖代谢途径、遗传信息处理、细胞过程等多个方面。

JASPAR: 专门存储高质量的转录因子（TF）DNA 结合图谱。它以位置频率矩阵（PFMs）的形式存储这些图谱，并提供工具来研究基因转录调控。